Mualaf Center Yogyakarta terbentuk pada 14 September 2014 di Masjid Gedhe Kauman atas support takmir dan jemaah Masjid Gedhe Kauman, ormas dan laskar Islam di DIY. Ketua Mualaf Center Yogyakarta pertama kali ialah Ustadz Ir. Awal Satrio Nugroho, Dewan Penasehat Mualaf Center Yogya Ustadz Budi Setiawan, ST. Mualaf Center Yogyakarta resmi menjadi Yayasan Mualaf Center Yogyakarta pada 14 September 2019.
Selain membantu mensyahadatkan, membina dan mendampingi mualaf, Mualaf Center Yogyakarta juga memiliki program pengenalan Islam dasar untuk kawan- kawan non-Islam yang ingin mengetahui. Dalam kegiatan tersebut diisi dengan kegiatan diskusi, membahas hal keimanan nan llmiah, saling menambah wawasan untuk luas nya pengetahuan.
